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Angewandte Bioinformatik

Unser Schwerpunkt liegt in der Analyse sogenannter „Next-Generation Sequencing“-Daten (vorwiegend Illumina-basierte Sequenzen). Hier interessieren wir uns vorwiegend für den Einsatz und die Weiterentwicklung bioinformatischer Methoden in den Bereichen:

Genomics/Exomics

  • Varianten-Analysen (Detektion von SNPs, Indels)
  • Suche nach positiv selektionierten Genen
  • PAN-Genom-Analysen
  • ATACseq-Analysen
  • Ermittlung mitochondrialer Insertionen ins Kerngenom von Primaten 

Transkriptomics

  • Analysen differentieller Genexpression

Parasiten & Mikrobiomics

  • Ermittlung der mikrobiellen Flora in Stuhlproben
  • Detektion von Parasiten in Stuhlproben

Retrogenomics

  • Ermittlung bekannter und bisher unbekannter transposabler Elemente in Primaten-Genomen

RNomics

  • Analyse nicht-protein-kodierender RNAs, insbesondere IncRNAs

Mappen und/oder Assemblieren von Rodaten (de novo und/oder Referenz-basiert)

Aufarbeitung und Zusammenstellung von Datensätzen für phylogenetische Fragestellungen

 

ShinyApp
ShinyApp

Entwicklung von Anwenderprogrammen
BILD

  • GPAC: http://www.bioinformatics.uni-muenster.de/tools/gpac/
  • TSDfinder (in progress): Eine Applikation zur detaillierten Analyse und (Neu-)Bestimmung Transposabler Elemente
  • R-basierte Apps, z.B.:
    Zur Darstellung unterschiedlicher Heatmaps in Abängigkeit von Nutzer-abhängigen Eingabedaten.

    Zur nutzerfreundlichen, detaillierten Varianten-Analyse, Haplotyp- und/oder Artbestimmung (Hochdurchsatz-Sequenzierung).

Kontakt

Dr. Angela Noll

Dr. Angela Noll +49 551 3851-481 +49 551 3851-372 Kontakt