Unser Schwerpunkt liegt in der Analyse sogenannter „Next-Generation Sequencing“-Daten (vorwiegend Illumina-basierte Sequenzen). Hier interessieren wir uns vorwiegend für den Einsatz und die Weiterentwicklung bioinformatischer Methoden in den Bereichen:
Genomics/Exomics
- Varianten-Analysen (Detektion von SNPs, Indels)
- Suche nach positiv selektionierten Genen
- PAN-Genom-Analysen
- ATACseq-Analysen
- Ermittlung mitochondrialer Insertionen ins Kerngenom von Primaten
Transkriptomics
- Analysen differentieller Genexpression
Parasiten & Mikrobiomics
- Ermittlung der mikrobiellen Flora in Stuhlproben
- Detektion von Parasiten in Stuhlproben
Retrogenomics
- Ermittlung bekannter und bisher unbekannter transposabler Elemente in Primaten-Genomen
RNomics
- Analyse nicht-protein-kodierender RNAs, insbesondere IncRNAs
Mappen und/oder Assemblieren von Rodaten (de novo und/oder Referenz-basiert)
Aufarbeitung und Zusammenstellung von Datensätzen für phylogenetische Fragestellungen
Entwicklung von Anwenderprogrammen
BILD
- GPAC: http://www.bioinformatics.uni-muenster.de/tools/gpac/
- TSDfinder (in progress): Eine Applikation zur detaillierten Analyse und (Neu-)Bestimmung Transposabler Elemente
- R-basierte Apps, z.B.:
Zur Darstellung unterschiedlicher Heatmaps in Abängigkeit von Nutzer-abhängigen Eingabedaten.
Zur nutzerfreundlichen, detaillierten Varianten-Analyse, Haplotyp- und/oder Artbestimmung (Hochdurchsatz-Sequenzierung).